Le GIPSE repose sur quatre éléments en intercommunication permanente :

• - Une équipe de 7 salariés permanents. Cette équipe intervient dans le champ administratif, pédagogique, commercial et financier, elle pilote le GIPSE au quotidien. Elle est en lien avec les établissements de santé, les participants aux formations, les partenaires et les formateurs occasionnels ou indépendants.

• - Une équipe de plus de 300 formateurs occasionnels ou indépendants.

• - Un Conseil d'Administration (12 membres) dont le rôle est notamment, d’adopter le budget du groupement et de se prononcer sur les programmes d’activités et les programmes pluriannuels d’investissement. Les membres du CA sont élus pour 3 ans par l’Assemblée Générale. Le CA est composé de 6 représentants du CHU de Toulouse, d’un représentant du CH de Montauban, d’un représentant de l’Oncopole Claudius Regaud, de 2 représentants des membres adhérents (actuellement, les membres adhérents sont représentés par le  CH Gérard Marchant et la Clinique Rive Gauche), d’un représentant des membres partenaires et d’un représentant de la faculté de santé de l’université Toulouse III, Paul Sabatier.

• - Une Assemblée Générale (qui regroupe l’ensemble des membres fondateurs et des membres adhérents) dont le rôle est notamment, d’approuver les comptes et les rapports d’activités.